El mejor modo de utilizarlo es arrancando la distribucion de linux (en este caso Linux Ubuntu) desde un Live USB.
Primeramente abrimos un Terminal desde el menu o con Control+Alt+T y escribimos lo sigiente:
sudo add-apt-repository ppa:yannubuntu/boot-repair
sudo apt-get update
sudo apt-get install boot-repair
El programa es muy fácil de usar y se explica por sí mismo.
Una vez realizados los cambios, aparecerá un cuadro confirmando que los mismos se realizaron satisfactoriamente. Para que los mismos hagan efecto, necesitamos reiniciar nuestro equipo.